Такое восприятие точки связано с тем, что точка в конце сообщения не нужна. Когда вам пишут в чате, и так видно, где закончилось сообщение. Если точка стоит, значит, ее поставили туда специально — например для придания тексту особо строгого тона.
Для сравнения: если вы в одном сообщении пишете несколько предложений, между ними будут стоять точки. Ни у кого не будет по этому поводу переживаний, ведь точки там необходимы.
С точки зрения грамматики ставить точку в конце сообщения — не ошибка. Вы имеете право её ставить, если вам это важно.
А с другой стороны — вам уже прямым текстом сказали, какой эффект создают эти точки. Если это не тот эффект, который вам нужен, попробуйте писать сообщения без точек и посмотрите на результат. Возможно, людям станет с вами приятнее общаться.